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El poblado de San Miguel del Padrón, nombre utilizado después de 1976 para designar al municipio, surgió en 1660 alrededor del oratorio del ingenio Miguel. Ya en 1670 la iglesia fue declarada auxiliar de la de Guanabacoa, y en 1775 se constituyó como parroquia autónoma, siendo reconstruida en 1830. San Francisco de Paula, poblado enclavado dentro de este municipio, fue en sus inicios una aldea de Santa María del Rosario, con una ermita construida en 1795 por don Francisco Arocha.

En San Francisco de Paula, el 2 de marzo de 1927, se detonó el primer barreno para dar comienzo a las obras de la Carretera Central, la cual con 1.143 kilómetros de longitud, fuera inaugurada el 24 de febrero de 1931.

El municipio incluye los repartos Barrio Obrero, Bien Aparecida, Buenos Aires, California, Carolina, Central, El Lucero (parcialmente), El Ziche, Guardiola, Jacomino, Juanelo, La Fernanda, La Florida, La Rosalía, Los Ángeles, Martín Pérez, Otero, Rocafort, Emilio Mola, Encanto, La Lolita (parcialmente), Las Merceditas, Las Piedras, La Rosita, San Francisco de Paula, Siboney, Villa Alegre, Villa Rosa (parcialmente), Diezmero, Alturas del Diezmero, Mirador del Diezmero, Delicias del Diezmero, Dolores, La Cumbre, La Flora, Las Tejas, María Cristina, María Luisa, Alturas del Mirador del Diezmero, San Matías, San Martín, Veracruz, Alturas de Luyanó, Alturas de San Miguel, Ciudamar, El Afán, Las Granjas, Las Palmas, Luyanó Moderno, María Santísima, Mirtha, Monterrey, Núñez, Residencial Miguel, San Juan de los Pinos, Segunda Ampliación de Alturas de Luyanó. Tamarindo y Vista Hermosa, así como el caserío de Cambute.
Se encuentra enclavado entre Vía Blanca y río Luyanó, María Antonia, Vía Monumental y Autopista Nacional.

En su territorio, durante la República, existieron importantes industrias. Entre ellas la Continental Can Corporation, una importante fábrica de envases metálicos; Galletas Cubanas S.A., fabricantes de la marca Gacusa; las Bodegas Morera, fabricantes de vinos; la Fábrica Nacional de Ómnibus Merens S.A., fabricantes de carrocerías para ómnibus escolares y para otros usos; Minagro Industrials S.A., dedicada al giro de maquinarias en general; las Canteras Habana S.A.; la Comercial Textil, fabricantes de las toallas Antex, y otras. Actualmente existen empresas estatales de envases de aluminio, envases de cartón, fundición, hidroenergía, motores, productos lácteos y otras.

San Francisco de Paula, que forma parte importante del municipio, adquirió mayor notoriedad a partir de 1940, cuando el escritor norteamericano Ernest Hemingway, después de alquilarla desde 1938, al publicar su novela Por quién doblan las campanas, compró Finca Vigía, que era propiedad de una familia francesa, ubicada la casa de la finca en la colina donde, en el siglo XIX, existió un fortín español de madera, conocido como La Vigía, que diera nombre al lugar.

En esta propiedad el escritor residía durante sus estancias en Cuba, y se dice que en ella escribió su novela El viejo y el mar y terminó la redacción de París era una fiesta. Hoy es un museo, que mantiene la impronta del premio Nobel de Literatura cuando salió de ella por última vez en 1960, y exhibe sus armas, trofeos, piezas de caza, muebles, cerámicas, cuadros, fotografías, libros, revistas y otros objetos personales.

Ya en San Miguel no existen los cines Gardel ni Vanidades, y el
Continental cada día está más deteriorado. Tampoco se escucha el bullicio ni se nota movimiento en el antiguo paradero de las rutas 10, 11 y 12. El cabaret Las Catacumbas, capaz de hacer descargar adrenalina a sus asiduos, con su piso que se hundía, el esqueleto plástico colgado y la oscuridad reinante, desapareció, y el Paco Paco no es más que un establecimiento estatal, habiendo perdido su anterior encanto de bar de barrio.

Por la Carretera Central, bajando la loma de Monterrey, no avanza veloz el Buick de Gallinat compitiendo en la Copa Cuba, ni su hija, con el cabello al viento, aparece por la Virgen del Camino, montada en su Harley Davidson. No está Hemingway, rojizo y barbudo, en su auto descapotable, esperando la luz verde en el semáforo junto al parquecito con el busto del querido doctor Tuma (que atendía a los pobres sin cobrarles las consultas y, además, les regalaba las medicinas), en su habitual viaje desde su Finca Vigía hasta Cojímar, siempre acompañado, muchas veces con actrices norteamericanas o europeas.

Al ser un municipio alejado del centro de la ciudad, al igual que Arroyo Naranjo, El Cotorro y La Lisa, en él se han asentado familias emigrantes de otras provincias, dando lugar a la proliferación de barrios y repartos precarios (similares a los antiguos barrios de indigentes), con viviendas de mala calidad construidas con materiales de desecho, sin algún tipo de planificación urbanística ni aseguramiento de los servicios vitales. Uno de los más llamativos es el denominado La Korea.

Este es un problema que también se manifiesta en algunos otros municipios, como Marianao, Guanabacoa, Cerro, y hasta en zonas alejadas de Playa.

Hoy San Miguel del Padrón es un municipio pobre, con calles y aceras en mal estado o sin ellas, y una inmensa población que lucha diariamente por sobrevivir, tanto de forma legal como ilegal.